Het derde seizoen van de Amerikaanse sci-fi televisieserie Top Secret, met 24 afleveringen, begon op 22 september 1995 en duurde tot 17 mei 1996. De uitzending werd verzorgd door Fox. De serie ging verder met het verhaal van speciale FBI-agenten (FBI - Fox Mulder (David Duchovny) en Dany Scully (Gillian Anderson). De hoofdpersonen onderzoeken gevallen van paranormale en mysterieuze verschijnselen die bekend staan als de "X"-zaak.
Het seizoen eindigde een reeks verhaallijnen die in het tweede seizoen was begonnen en introduceerde verschillende nieuwe plotelementen. Het hoofdverhaal draait om een samenzwering die tot doel heeft Mulder's verkregen video van de autopsie van de alien, Scully's zoektocht naar de moordenaar van haar zus en het mysterie rond Mr. X (Stephen Williams) te verdoezelen. Voor het eerst kwamen personages als de First Elder (Don Sec. Williams) en het zwarte buitenaardse virus in de plot van het 3e seizoen. Bovendien biedt dit seizoen een breed scala aan "monsters van de week": afleveringen bevatten onafhankelijke verhalen en hebben geen invloed op de algemene mythologie van de serie.
Het seizoen heeft de kijkcijfers van de vorige twee overtroffen. De première-aflevering "Blessed Path" debuteerde met een Nielsen-rating van 19,94 miljoen kijkers, het dubbele van de première van het vorige seizoen. Tijdens de vertoningen overschreed de kijkcijfers consequent meer dan 15 miljoen kijkers, waardoor het een van de meest bekeken series op de Amerikaanse televisie was voor het seizoen 1995-1996. Het seizoen ontving grotendeels positieve recensies van televisierecensenten en won vijf Emmy-awards. Geschreven door Darin Morgan, hebben veel afleveringen, zoals Clyde Brackman's Last Rest en Joe Chang's Out of Space, lovende kritieken gekregen als enkele van de beste in de serie. Morgan verliet de serie na het voltooien van seizoen 3 omdat hij het dynamische karakter van de show niet bijhield. Hij keerde pas terug in het tiende en elfde seizoen.
Verhaal
FBI-agent Fox Mulder wordt halfdood gevonden in de woestijn nadat de Sigarettenrokende man het leger beveelt een rijtuig met wetenschappelijk bewijs in brand te steken, niet wetende dat Mulder binnen is. Een Navajo-indiaan, Albert Gostin, brengt Fox Mulder weer tot leven. Ondertussen onderzoekt Scully de mogelijke betrokkenheid van het pokkenuitroeiingsprogramma voorafgaand aan genetische experimenten op mensen. Ze ontdekte dat een nazi-wetenschapper die na de Tweede Wereldoorlog naar de Verenigde Staten was gevlucht, tijdens Operatie Paperclip, aan het experimenteren was om een hybride van een mens en een buitenaards wezen te creëren. Als gevolg hiervan wordt Scully vermoord en per ongeluk vermoord door haar zus Melissa, die werd aangezien voor Deina zelf.
Mulder onderzoekt bewijs van een autopsie door buitenaardse wezens en volgt het geheime spoorwegtransport van een hybride van een mens en een buitenaards wezen. Fox slaagt erin in een van deze auto's te stappen, waar hij bijna wordt gedood door de bewakers van het Syndicaat. De informant Mister X zal hem echter redden. Scully gaat ondertussen uit naar een groep vrouwen die ook ontvoeringen zoals zij hebben overleefd, en ontmoet een ander lid van het Syndicaat, bekend als de Eerste Ouderling, die beweert dat ze tijdens haar ontvoering in een soortgelijk rijtuig werd geplaatst en de slachtoffer van experimenten door Japanse wetenschappers.
De bemanning van een Frans reddingsschip, dat een onderzeeër uit de Tweede Wereldoorlog van de zeebodem probeert te tillen, valt ten prooi aan straling. De enige uitzondering is een duiker die een parasiet heeft opgelopen die op een onderzeeër is gevonden. Dit buitenaardse virus, dat de lichamen van de slachtoffers beheerste, veroverde uiteindelijk het lichaam van Alex Krycek, op zoek naar wie Fox Mulder ging, en nam hem onder zijn arrestatie. Als gevolg hiervan werd de geïnfecteerde Krycek in een raketsilo geplaatst die werd gebruikt om de UFO te verbergen en verliet de parasiet zijn lichaam. Ondertussen slaagt Scully erin om Luis Cardinal op te sporen, de man die verantwoordelijk is voor de moord op haar zus.
Gips
'Fox Mulder, een speciale FBI-agent die werkt in de speciale eenheid met X-stempel. Ontvangt een cassette met uiterst geheime documenten van het Amerikaanse ministerie van Defensie en probeert deze te ontcijferen om niet alleen zijn overtuigingen te bewijzen, maar ook om de waarheid over zijn vader te achterhalen. Pogingen om de documenten te ontcijferen leiden hem naar een indianenreservaat in New Mexico.
- Dana Scully, speciaal agent van de FBI, arts en wetenschapper die werkt in de speciale eenheid met X-stempel. Hij wordt het slachtoffer van ontvoering, waarvan de doelen en personen onbekend zijn. Probeert Mulder te helpen de waarheid te achterhalen, hoewel hij zijn overtuigingen niet ondersteunt.