De derde film, Men in Black, is een vervolg op de beroemde Amerikaanse komedie. Met allemaal dezelfde Tommy Lee Jones en Will Smith in de hoofdrol. De regisseur werd opnieuw overgenomen door Barry Sonnenfeld, uitvoerend producent achter Steven Spielberg. De film draaide op 23 mei 2012 in de bioscoop.
De rol van de negatieve held wordt deze keer ingenomen door Jemaine Clement, hij speelt Boris. Dit is de misdadiger die is ontsnapt uit de Lunar Prison. Hij brandt van haat jegens Agent Kay, die in juli 1969 de dader betrapte en hem zonder arm achterliet. Als Kay er plotseling achter komt dat Boris is gevlucht, betuigt hij er grote spijt van dat hij hem tijdens zijn arrestatie niet heeft vermoord. Daarna verdwijnt de agent gewoon en alleen zijn partner Jay herinnert zich dat hij bestond. De rest van het personeel in het zwart denkt dat Kay stierf in een confrontatie met een crimineel in 1969.
De enige verklaring voor een dergelijke omkering van de werkelijkheid is een verandering in het verleden. Jay en Agent O besluiten dat Boris erbij betrokken is. Dit wordt bevestigd door een andere gebeurtenis van kosmische schaal - de invasie van de aarde door het Boris-ras. In de voormalige realiteit was dit onmogelijk, aangezien Kay een beschermend apparaat op de planeet installeerde genaamd "ArkNet". Nu, in verband met de dood van de agent, enkele decennia geleden, had de aarde geen enkele barrière tegen ruimtevijanden.
Jay ontdekt dat Boris naar het verleden is gestuurd door Jeffrey Price, een elektronicadealer die een illegale timeshifter in zijn arsenaal had. De agent heeft geen andere keuze dan terug in de tijd te reizen om zijn partner te redden. En hij wordt meteen gearresteerd door de jonge Kay. Tijdens het verhoor vertelt Jay hem alles, en de toekomstige partner gelooft. Samen vinden ze de Arkanian Griffin, die het ArkNet heeft. Nu zetten ze alle drie hun reis voort en gaan op weg om bescherming op de maan te installeren. Maar op een raket worden ze gearresteerd door de kolonel. Nu wordt hij Jay's geheime bewaarder.
Vanaf dit moment ontwikkelen de gebeurtenissen zich razendsnel. De helden ontmoeten twee Boris en er ontstaat een gevecht. Een crimineel uit de toekomst wordt in de raketschacht gegooid en de jonge Boris wordt achter hem aan gestuurd. Bescherming voor de aarde is ingesteld. En nu lijkt het erop dat Jay's missie is voltooid, maar een jonge crimineel die op wonderbaarlijke wijze overleeft, verschijnt. De kolonel sterft, maar Boris wordt ook vernietigd. En nu verschijnt er een nieuw personage in de film. Een jongen stapt uit de auto van de kolonel en gaat op zoek naar zijn vader. De agent herkent zichzelf. Jay keert terug naar zijn tijd en ontmoet Kay in het café. Alles ging terug.
