Tegenwoordig is een aanzienlijk deel van het oppervlaktewater van het land vervuild en wordt het steeds moeilijker om drinkbaar, schoon water te vinden. De grootste schade aan de toestand van het aquatisch milieu wordt veroorzaakt door menselijke economische activiteit.
Stoffen die waterlichamen vervuilen, komen uit zowel antropogene als natuurlijke bronnen in het aquatisch milieu. De laatste omvatten de vernietiging van rotsen, vulkanische activiteit en afvalproducten van waterorganismen. Antropogene bronnen zijn bevolkingsgroei, ontwikkeling van agrarische en industriële productie. Huishoudelijk, industrieel en agrarisch afvalwater wordt geloosd op de omliggende wateren.
Antropogene vervuiling is onderverdeeld in primaire en secundaire. In het eerste geval verslechtert de kwaliteit van het aquatisch milieu direct door het binnendringen van vervuilende emissies in waterlichamen. Secundair wordt veroorzaakt door een te hoge concentratie van afbraakproducten van dode waterdieren, die is opgetreden als gevolg van een schending van het ecologisch evenwicht.
De belangrijkste bronnen van vervuiling zijn drainagewater, huishoudelijk en industrieel afvalwater, regenwaterafvoeren, afvalwater van veehouderijen, velden en nederzettingen, bostransport langs rivieren en watertransport.
Voor de menselijke gezondheid vormt een speciaal gevaar waterverontreiniging door organische stoffen met een hoge toxiciteit - pesticiden. Een persoon gebruikt ze in het proces van zijn leven. Wanneer grote bos- en landbouwgebieden door vliegtuigen worden behandeld met pesticiden, wordt tot 70% van deze giftige stoffen honderden kilometers door de wind meegevoerd, waardoor rioleringen en waterlichamen worden verontreinigd. Na neerslag dringen pesticiden door in de bodem, in het grondwater en vervolgens in meren en rivieren.
De gevaarlijkste van de gebruikte pesticiden zijn persistente organochloorverbindingen die zich ophopen in de weefsels van verschillende organismen. Omdat ze bijvoorbeeld betrokken zijn bij de voedselketen van in het water levende organismen, zullen deze verbindingen van het ene trofische niveau naar het andere worden overgedragen. Als een visser bijvoorbeeld vis ving en at die zich voedt met planktonische kreeftachtigen die in een met pesticiden vervuilde vijver leven, zal.
Een groot gevaar wordt gevormd door radionucliden die waterlichamen binnendringen, samen met afval van elektriciteitscentrales, sommige industrieën en nucleaire schepen. De meest giftige minerale verbindingen zijn lood, arseen, zink, kwik en koper. Ze komen via neerslag uit de atmosfeer in het water terecht, waar ze door menselijke activiteit (emissies van industriële ondernemingen) weer ophopen. Mijnafvoeren zijn ook rijk aan zware metalen. Het is moeilijk om olie en zijn derivaten af te voeren. En slechts een paar waterorganismen zijn in staat oliesuspensies te verwerken en te vernietigen.