In januari 2006 werd de International Security Assistance Force (ISAF) ingezet in Afghanistan om het Amerikaanse en Britse leger bij te staan in de strijd tegen de islamitische paramilitaire Taliban. De Amerikaanse regering beschuldigde de Taliban ervan het hoofd van al-Qaeda, Osama bin Laden, onderdak te bieden en eiste zijn uitlevering. De leiding van de Taliban weigerde aan deze eis te voldoen en zei dat de Verenigde Staten geen bewijs hadden geleverd van Osama's schuld bij de aanslagen van 11 september 2001.
Tegen het einde van 2001 was de militaire structuur van de Taliban praktisch vernietigd en nam het verzet van zijn aanhangers de vorm aan van een guerrillabeweging. Westerse landen hebben zwaar geïnvesteerd in de ontwikkeling van de democratie en de sociale structuur van Afghanistan. In 2004 werden de eerste presidentsverkiezingen van het land gewonnen door Hamid Karzai, een politicus die loyaal genoeg is aan het Westen. Het verzet van de Taliban-aanhangers kon echter niet worden onderdrukt. De guerrilla's vochten hevig, ondanks de overweldigende militaire superioriteit van de ISAF.
Frankrijk leed, net als andere leden van de alliantie, verliezen aan uitrusting en mankracht. Tijdens de 10 jaar van de oorlog in Afghanistan werden 83 soldaten gedood en meerdere malen gewond. Het besluit om Frankrijk bij de militaire operatie te betrekken was niet erg populair onder de bevolking, en berichten over slachtoffers onder Franse soldaten vergrootten de onvrede met de regering.
Op 20 januari 2012 schoot een man in een Afghaans legeruniform in de provincie Kapisa 4 soldaten neer en verwondde 16 Franse soldaten. Daarna zei Nicolas Sarkozy (Franse president van 2007 tot 2012) dat Frankrijk zijn militaire aanwezigheid in dat land opschort, aangezien de Afghaanse regering de veiligheid van de Franse troepen niet kan garanderen. Sarkozy beloofde begin 2014 zijn troepen terug te trekken uit Afghanistan.
In 2012 werd François Hollande gekozen tot president van Frankrijk, die een nieuw plan aankondigde om zich terug te trekken uit Afghanistan. 2.000 militairen zullen tegen eind 2012 worden teruggetrokken, 1.400 blijven als instructeurs en om sociale voorzieningen te bewaken. De president verklaarde zijn besluit door het feit dat het gevaar van terroristen is afgenomen, de democratie sterker is geworden en het land zich onafhankelijk moet ontwikkelen. Het hoofd van de republiek beloofde dat Frankrijk Afghanistan zou blijven steunen, maar in een andere vorm.
